La revolución urbana de Irun no soslaya el ferrocarril, todo lo contrario, la potencia: se remodelará la estación actual para que acoja los convoyes de Renfe, TAV y Topo, así como una terminal de autobuses. Entrará en servicio en 2015-2016.

El Plan Territorial Ferroviario establece un recorrido de conexión con Francia en el que no se contempla que el TAV entre en Irun. Este plan se encuentra en suspenso, dado que Francia no ha definido por dónde quiere establecer el enlace entre su red de alta velocidad y la española. Ante esta situación, el Gobierno central ha decidido remodelar la estación de Irun para acoger a los trenes de alta velocidad.

El Ayuntamiento de Irun ha firmado un convenio similar al de las tres capitales vascas. Este acuerdo prevé regenerar el espacio ferroviario, incorporándolo a la ciudad, todo ello propiciado por la entrada de la alta velocidad en la estación de Irun.

Gipuzkoa, por tanto, contará con cuatro estaciones del TAV: Ezkio-Itsaso, San Sebastián, Astigarraga e Irun.

Ezkio-Itsaso dará servicio al interior de Gipuzkoa. Astigarraga se contempla para las rutas internacionales. Desde ésta estación saldrá un ramal a la de Atocha, en Donostia, a donde llegarán los convoyes de la 'Y' (Vitoria-Bilbao-San Sebastián), así como los de Madrid y otros destinos estatales. La de Irun podría acoger otro tipo de recorridos medios, aún por definir. Los trenes que pasen por Astigarraga se dirigirán mediante una nueva variante ferroviaria a Irun, para enlazar con Francia, hasta que este país no decida por dónde conecta con España. En todo caso, finalmente serán las compañías que operen las rutas las que acaben perfilando el servicio que dará cada estación.